A Escola Básica Integrada Canto da Maia, criada através do Decreto Regulamentar Regional n.º 2/2004/A, de 4 de janeiro, é constituída pelo edifício sede – 2º Ciclo e por cinco núcleos escolares, EB1/JI de São José; EB1/ JI de Santa Clara, que integra o Jardim de Infância da Rua de Lisboa; EB1/JI do Ramalho; EB1/JI Cecília Meireles e EB1/JI Professor Doutor Alexandre Linhares Furtado.
O edifício sede foi mandado construir uma vez que a então Escola Preparatória de Ponta Delgada, sita à Rua do Mercado, não oferecia condições de segurança. Porém, uma vez que a população escolar abrangida não foi devidamente calculada no ano letivo 1982/1983, a Escola Preparatória de Ponta Delgada funcionou, quer no antigo edifício, quer no novo, sendo a sua sede no edifício da atual Escola Básica Integrada Canto da Maia.
No ano letivo seguinte, a então Secretaria Regional da Educação e Cultura decidiu criar duas escolas de ensino preparatório na cidade de Ponta Delgada, passando assim, esta instituição, a designar-se, por sugestão do corpo docente, Escola Preparatória Canto da Maia.
Em 1990, foi uma das três escolas da Região Autónoma dos Açores escolhidas para o lançamento da Reforma do Sistema Educativo (Decreto-Lei 386 / 89, de 29 de agosto).
No ano letivo de 1992/1993, face à incapacidade das Escolas Secundárias de Ponta Delgada acolherem todos os alunos do 3º Ciclo e devido ao aumento da população escolar, motivado pelo alargamento da escolaridade obrigatória para nove anos, a escola inicia a lecionação de cinco turmas do 7º ano.
Em 1994, prevendo-se uma rotura do sistema, a curto prazo, a Secretaria Regional da Educação e Cultura decide proceder à ampliação da escola e à sua passagem a Escola Básica 2/3.
No ano letivo de 1999/2000, por decreto da Secretaria Regional da Educação e Cultura (Decreto Regional 15/99 – A, de 30 de novembro) é extinta a Escola de Educação Especial de Ponta Delgada, tendo sido a sua população escolar bem como as instalações e todos os bens móveis ali existentes, integradas na Escola Básica 2/3 Canto da Maia.
Em junho de 2002, procedeu-se à desanexação daquele edifício e à cedência de todos os bens ali existentes à I.P.S.S. Seara do Trigo.
No ano letivo de 2000/2001, as instalações desportivas da Escola foram alvo de completa remodelação e ampliação, tendo-se construído uma sala de ginástica, com dois balneários e duas arrecadações anexas ao ginásio. Procedeu-se, ainda, à ampliação e vedação do campo exterior, bem como à vedação completa do recinto escolar.
Assim, a Escola dispôs, a partir desse ano, de instalações desportivas amplas e com ótimas condições para a finalidade a que se destinavam.
No ano letivo de 2001/2002, voltaram a ser efetuadas pequenas obras de reparação do edifício escolar.
Dado o grande número de alunos previsto para o ano letivo 2003/2004, cerca de mil e quinhentos, foi decidida pelo Senhor Secretário Regional de Educação e Cultura a saída, de forma gradual, dos alunos e professores, do 3.º Ciclo, desta Escola, tendo em conta que as Escolas Secundárias de Ponta Delgada tinham capacidade para absorver estes alunos.
O Decreto Regulamentar Regional n.º 2/2004/A, de 4 de janeiro, cria a Escola Básica Integrada Canto da Maia. Esta passa a integrar os estabelecimentos do ensino básico da rede pública situados nas freguesias de São José e Santa Clara (à exceção do Infantário de Ponta Delgada): EB1/JI de São José, EB1/ JI de Santa Clara, que integra o Jardim de Infância da Rua de Lisboa, e EB1 / JI do Ramalho.
O Decreto Regulamentar Regional n.º 27/2006/A, de 13 de setembro, extingue a Área Escolar de Ponta Delgada, passando esta unidade orgânica a integrar, para além dos estabelecimentos de ensino acima referidos, a Escola EB1/JI Cecília Meireles, de Fajã de Cima, a Escola EB1/JI Professor Doutor Alexandre Linhares Furtado, que integra o Jardim de Infância de Santa Rita, de Fajã de Baixo, o Infantário de Ponta Delgada e o Centro de Recursos de Educação Especial de Ponta Delgada.
No ano 2007, procedeu-se à elaboração de um programa base de arquitetura, com vista ao projeto de remodelação e ampliação do edifício escolar. Com este, pretendia-se alterar a atual estrutura do edifício sede para um edifício único de dois andares, ligado ao polivalente, o que, a concretizar-se, criaria novos espaços, entre os quais uma nova biblioteca e um auditório, e mais espaços ao ar livre.
Nos anos letivos 2010/2011, 2011/2012 e 2012/2013, a Câmara Municipal de Ponta Delgada procedeu a obras de remodelação e ampliação na EB1/JI de São José, EB1/JI de Ramalho e EB1/JI Professor Doutor Linhares Furtado. Após a remodelação deste edifício escolar, o Jardim de Infância de S. Rita foi extinto e os alunos de Jardim de Infância integrados no mesmo.
No ano 2014, foi extinto o Infantário de Ponta Delgada e as suas instalações foram cedidas, pelo Governo Regional, à Cooperativa Kairós.
Nos anos letivos, 2016/2017 e 2017/2018, esteve em curso a remodelação e ampliação do edifício sede.